在《倚天屠龙记》中曾出现过这样一个情节，六大门派带兵围攻光明顶，灭绝师太以此为契机，向弟子们详细的陈述明教历代以来的历史。这一情节也引出了一个话题，那就是明教历代经过了近一百四十年左右的时间，在这期间更换了近三十几代教主。为何教主之位更换的如此频繁?

灭绝师太更提到，明教的传代信物圣火令，曾被第三十一代教主弄丢了，这又是怎么一回事呢？明教教主更新换代的频率确实很高，很大一个原因在于他们内部政局十分不稳固，几十年来一直人心惶惶，各种内乱应运而生。前一代教主还没有将政局稳固下来，后一代人就急着向前，还有不少人想取而代之。相传明教最后一代的教主本应该是朱元璋，但由于他后来当了皇帝，就没有后文了。朱元璋还下令取缔了明教，从此之后这个门派也彻底消失了。

若要分析第三十一代教主是怎么把传代圣火令弄丢的，就不得不提他前后两代的教主。杜可用是明教的第二十九任教主，他自封杜圣人，还将自己称作天轮变现天王。在忽必烈年代，他曾组织起义，带领众多民众反对统治，但最终被镇压下去了，他本人也被当众处刑赐死。此后明教第二十九任教主就消失了。

第三十代教主是钟明亮，他曾带领明教各部在福建发动起义，他在战术上采用灵活的对战方式，辗转好几个回合，将元军打的十分疲惫。忽必烈曾多次带兵围剿，却始终拿他没有办法。后来他因病去世，元军才彻底将其围剿。

钟明亮死后，石元是仅存的较为出色的明教弟子，他临危受命，担任了明教第三十一代教主，他还带领剩下的明教弟子们不断逃亡。由于元军不断的追击，他们选择逃到军队势力薄弱的西域地带，但在逃亡的过程中，明教内部发生动乱，不少不法之徒想趁机夺取教主之位。也正是在这期间，保管明教传代信物圣火令的贾德趁机盗走了圣火令。

此后，明教的传代信物就消失了。后来相传贾德将圣火令卖给了波斯商人，后来也流传到明教波斯总教教主手中，几经波折，明教的传代信物彻底回不来了。石元也成为了名义上的教主，他也一直暗地里找寻圣火的下落，但一直没有结果。石元也因此十分愤怒，最终也因病去世。直到第三十二代教主衣琇临危受命，带领仅存的明教势力逃往昆仑山顶，重新点燃了圣火。

历史上关于明教的传说有很多，但这些消息有真也有假，我们只有客观看待，不断考证才能完整的了解它的历史。